En 1560, une troupe de conquistadors espagnols descend de la montagne à la recherche de l'Eldorado. Mais l'équipée s'enlise dans les marais. Une plus petite expédition est alors constituée, placée sous la conduite de Pedro de Ursua et de son second, Lope de Aguirre, qui devra reconnaître l'aval du fleuve sur des radeaux. Aguirre, aventurier ambitieux et brutal, manoeuvre habilement pour proposer à ses compagnons un nouveau chef, le falot Fernando de Guzman, promu solennellement "empereur du Pérou et de l'Eldorado"...